明治21年、湊病院の創始者 湊謙一が、注射薬として開発した「神液」（後の「湊液」→ミナト式液）をさらに研究・開発を重ね、大正14年に「湊式噴霧器」と「神液」をセットにして鼻病薬として世に送り出しました。これが当社の始まりです。　

「湊式鼻病薬」は、順調に業績を重ねるとともに、「只野凡児」をキャラクターとして、鼻病に苦しむ方々に貢献してまいりました。昭和20年の戦災により中断し、翌年の昭和21年より製造・販売を開始、現社名「ミナト製薬株式会社」に社名を変更しました。

昭和46年、健康食品業界に参入し、製薬技術を生かした栄養食品「ローヤルゼリーミナト」を開発、上市しました。昭和52年、本社を東京に移転。業界の先駆者として、クロレラ、カルトップ500、活き活き100億ビフィズス菌、玄米くろ酢、あしたば粒など続々と上市し、創業110周年を迎え「大麦若葉の青汁」「減肥くわ青汁」を発表し、「青汁」市場を牽引しています。
現在も青汁関連の製品をはじめ、健康食品や健康関連食品を手掛け、「健康」をテーマとした社会貢献に努めています。